• Completarea declaraţiei de tranzit se face electronic de către principalii obligaţi. Declaraţia de tranzit completată se transmite electronic biroului vamal de plecare.
• La biroul vamal de plecare, declaraţia poate fi depusă în procedură normală sau în procedură simplificată. În procedura simplificată, declaraţia de tranzit se depune de către expeditorii agreaţi, conectaţi la sistem, direct de la sediul acestora, fără a mai fi necesară prezentarea la biroul vamal a mărfurilor şi a documentelor aferente.
• Exemplarele 4 şi 5 ale declaraţiei de tranzit sunt înlocuite de documentul de însoţire. Atunci cînd sunt mai multe articole, exemplarele complementare sau lista de încărcătură sunt înlocuite cu lista articolelor. Aceste documente vor fi tipărite din NCTS după acordarea liberului de vamă, direct din sistemul informatic şi vor însoţi mărfurile pe tot parcursul transportului.

• îmbunătăţirea calităţii serviciilor oferite agenţilor economici prin reducerea timpilor necesari efectuării formalitaţilor vamale;
• asigurarea unui grad ridicat de securitate a datelor;
• confirmarea informatică a operaţiunii de tranzit va înlocui confirmarea manuală, care se efectuează pe baza documentului pe hârtie;
• avantaje suplimentare pentru operatorii economici utilizatori ai procedurilor simplificate, autorizaţi în calitate de expeditori şi destinatari agreaţi prin posibilitatea efectuării operaţiunilor de tranzit de la sediul acestora ;
• reducerea costurilor şi întârzierilor determinate de declararea bunurilor pe hârtie;
• eliberarea mai rapidă a garanţiei ca urmare a confirmării informatice;
• aplicarea uniformă a procedurii de tranzit în toate birourile vamale, regulile şi condiţiile de completare a declaraţiei de tranzit fiind verificate automat de sistem;
• reducerea fraudelor prin urmărirea electronică în timp real a derulării si incheierii operaţiunii de tranzit;
• creşterea eficienţei operaţiunilor vamale în general având în vedere faptul că biroul vamal poate aplica în timp util analiza de risc pe baza datelor deja existente în sistem.
• Cunoscând MRN, agentul economic conectat la NCTS poate afla în fiecare moment informaţii despre starea operaţiunii de tranzit: acceptată, sub control, liber de vamă în tranzit, sosit la biroul de destinaţie, confirmat, etc.

• În procedura normală, principalul obligat se conectează la aplicaţie, pe baza unui username şi a unei parole, completează declaraţia de tranzit şi printr-un mesaj electronic care se generează automat trimite datele înregistrate la biroul vamal. Din aplicaţie se printează declaraţia şi aceasta, împreună cu toate documentele justificative se prezintă la biroul vamal. Aici, lucrătorul vamal caută declaraţia după LRN (număr de identificare local - atribuit de principalul obligat) şi, la fel ca şi în procedura actuală, verifică garanţia, stabileşte termenul de tranzit, identifică marfa, efectuează controlul fizic şi documentar şi acordă liberul de vamă. În sistem, declaraţia de tranzit primeşte automat MRN (numărul de referinţă al operaţiunii) şi marfa pleacă spre destinaţie. În acelaşi timp este generat automat un mesaj electronic (IE01) de la biroul vamal de plecare la biroul vamal de destinaţie. Acest mesaj conţine toate datele din declaraţia de tranzit.
• În procedură simplificată, expeditorul agreat se conectează la aplicaţie, completează declaraţia de tranzit şi o acceptă, primind MRN. În acest moment, porneşte automat un timer (stabilit în autorizaţia de vămuire la domiciliu) - în cadrul căruia lucrătorul vamal poate interveni să facă controlul. Dacă vama nu intervine până la expirarea timer-ului, mărfurile sunt libere să plece în tranzit.

​

• În procedura normală: marfa se prezintă la biroul de destinaţie şi pe baza MRN, lucrătorul vamal identifică operaţiunea în sistem. Se transmite Notificarea de sosire (printr-un mesaj IE06), prin care biroul de destinaţie înştiinţează biroul de plecare că marfa a ajuns la destinaţie. Se efectueaza formalitati corespunzatoare pentru incheierea operatiunii şi după control, rezultatul se transmite cu mesajul IE18 (IE18 A când rezultatul controlului este conform şi IE18 B când sunt discrepanţe) la biroul vamal de plecare. Confirmarea documentului se face informatic şi nu mai este nevoie de confirmarea manuală.
• În procedura simplificată: marfa se prezintă la sediul destinatarului agreat, acesta va trimite notificarea de sosire la biroul vamal şi in aplicatie se porneşte automat timer-ul în timpul căruia lucrătorul vamal de la biroul de destinaţie se poate prezenta la sediul agentului economic pentru a controla marfa. Dacă timer-ul a expirat şi lucrătorul vamal nu a intervenit, atunci agentul economic poate să înceapă descărcarea mărfii şi se transmite biroului vamal rezultatul controlului.